В результате филогенеза в головном мозге сформировались три основные неврологические системы (Oller-Vallejo, 2004, 2005a), которые можно назвать (Panksepp, 1998) инстинктивным мозгом, эмоциональным мозгом и рациональным мозгом.
На функциональном уровне инстинктивный мозг и эмоциональный мозг неразрывно взаимодействуют друг с другом, причем иногда они функционально объединяются в то, что называется инстинктивно-эмоциональным мозгом (Х. Оллер-Валлехо, 2005).
Инстинктивно-эмоциональный мозг возникает для регуляции биологического выживания, которое обеспечивается мозговым стволом и гипоталамусом, а также лимбической системой (некоторые авторы включают в эту систему гипоталамус).
В этом мозге большое значение имеет функциональное взаимодействие между гиппокампом и оливой мозжечка, которые ответственны за запоминание эмоциональных ситуаций, причем гиппокамп запоминает ситуацию, а олива мозжечка – личностный эмоциональный опыт человека.
Вся эта информация записывается без участия коры головного мозга, и таким образом, система памяти с неврологической точки зрения обеспечивает существование Регрессивного Детского эго-состояния, которое проявляется тем, что инстинктивно-эмоциональный мозг обесценивает или даже исключает 2 оставшиеся зоны мозга.
В целом инстинктивно-эмоциональный мозг – неврологический субстрат (Oller-Vallejo, 2005a) археопсихики, описанной Берном, который можно назвать реактивным сознанием и который, включает Ид Фрейда (Oller-Vallejo, 2006).
Однако хотя изначально имитационные механизмы мозга совершенно инстинктивны (Maclean, 1990), их необходимо «отделять» от функций этого мозга, так как они являются частью так называемого подражательного мозга (“Imitative mind”, Meltzoff & Prinz, 2002), который зависит и от активности неокортекса.
Это неврологический субстрат Экстеропсихики Берна, который можно также назвать идентифицирующим мозгом. Данный мозг соответствует Суперэго Фрейда.
Наряду с инстинктивно-эмоциональным и подражательным мозгом существует мозг рациональный, который проявляется более или менее активно в зависимости от ситуации и степени осознанности его существования. Это неокортекс и его структуры, которые являются неврологическим субстратом неопсихики Берна. Его также называю мыслительным мозгом, и он соответствует фрейдовскому понятию об Эго.